Od 1998 do 2005 zajmowała stanowisko dyrektora w Urzędzie Nadzoru nad Funduszami Emerytalnymi, a następnie w Urzędzie Komisji Nadzoru Ubezpieczeń i Funduszy Emerytalnych. Na przestrzeni lat pełniła różne funkcje w instytucjach rynku finansowego, m.in. jako:
zastępca przewodniczącego rady nadzorczej Banku Gospodarstwa Krajowego,
członkini rady nadzorczej Krajowego Depozytu Papierów Wartościowych,
zastępca członka Rady ds. Systemu Płatniczego przy NBP,
członek Rady Nadzorczej PTE PZU SA.
Przedostatnimi pełnionymi przez nią funkcjami były doradca
Prezesa Narodowego Banku Polskiego oraz członkini Rady Nadzorczej Banku Ochrony Środowiska. Z kolei w marcu 2021 roku
Komisja Nadzoru Finansowego wyraziła zgodę na powołanie Iwony Dudy na stanowisko prezesa zarządu Alior Banku.